A Instituição foi fundada em 1969 como Faculdade Pais de Barros. Em 1970 e 1972, começaram a funcionar os cursos de Administração de Empresas e Estatística, respectivamente.

Em 1975, assumiu o comando da Instituição o Dr. Adriano Augusto Fernandes que, até então, atuava como professor universitário e se dedicava a um escritório de Contabilidade e Turismo.

Com apenas dois cursos, a faculdade obteve uma expansão no número de alunos, que culminou, em 1982, na criação das Faculdades Capital e na abertura de novos cursos nos anos seguintes.

Dez anos depois, uma conquista histórica na trajetória da UNICAPITAL: a autorização do curso de Direito pelo Conselho Federal de Educação. A medida representou uma vitória importantíssima porque, na época, havia 22 anos que nenhum curso de Direito era autorizado na cidade de São Paulo.

Na década de 90, o crescimento da Instituição sofreu um revés inesperado. O Conselho Federal de Educação foi extinto às vésperas de votar um parecer favorável para a transformação das Faculdades Capital em universidade.

Um período precioso foi perdido porque o processo teve que ser iniciado do zero, porém, seus dirigentes não desistiram do sonho.

A transformação para Centro Universitário ocorreu por decreto presidencial, em 1999, após um longo e trabalhoso processo de reestruturação, aprimoramento e investimentos.

A última década foi, seguramente, a mais importante da história da UNICAPITAL, não só pelo crescimento, mas pelos desafios que a Instituição enfrentou e venceu neste período.

Em 2004, o Centro Universitário Capital foi recredenciado pelo MEC por mais cinco anos, com um excelente parecer que foi aprovado por unanimidade pela Câmara de Educação Superior.